¿Alineas por puntos? Creo que la mejor manera de hacerlo es marcando la casilla "Alinear por el centro de gravedad"

Pero aún así hay que hacer los puntos no?

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No, se centra automáticamente

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si cuando Júpiter está tranquilito por seeing, y se ve tan redondo (bueno ojo, menos el ángulo de fase),  con borde tan bien definido, el soft lo tiene que centrar muy bien

pero por "puntos", en Júpiter igual se vuelve loco !!

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Lo que pasa es que yo marco la casilla que decís y no me da la opción de alinear, la pestaña está apagada como cuando espera a que marques algún punto.

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Yo tambien utilizo la opcion multipunto con Registax 6 .Lo que pasa que los puntos me los escge el mismo programa 

https://img202.imageshack.us/img202/4292/registax6.png

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multipunto es para detalle que es contrastado y evidente

como se veo poco, ... no me fío de que el programa detecte las mismas zonas
yo tendría ojito con eso

( pero como soy de versiones antiguas,  ... igual estoy desfasado)

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Yo siempre le doy a Set Align Points y me pone el los puntos automaticamente, tampo selecciono alinear por centro de gravedad.
En Best frame suelo poner la mitad del total de los frames.

Una imagen ejemplo

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