Buenas tardes, Luis.
En primer lugar, dentro de Weighted Batch Preprocessing debes incorporar a través del menú inferior los lights, flats, bias y darks en su carpeta de refererencia:
A continuación en el menú superior debe hacer clic sobre calibración: al hacer clic sobre los flats en la parte derecha aparece la opción CFA. No olvides en calibration settings marcar "optimize Master Dark".
También deberías hacer clic sobre los lights y te aperecerán tanto la referencia al CFA como a la matriz de Bayer:
Después del menú calibración es importante hacer clic en post-calibration para configurar las imágenes que obtendrás finalmente RGB o R, G, B.... hay varias opciones, pero si has hecho dithering deberías seleccionar la opción drizzle ya que mejorará la definición de las imágenes -posteriormente podrás volver a redimensionarla en su tamaño original:
No olvides marcar un directorio de salida para el almacenamiento de todo el proceso de apilado:
Espero poder aclarar alguna duda.
Un saludo.