No has hecho nada mal, esas imágenes anexas son los mapas de pixels fríos y calientes que han sido rechazados durante el apilado. Sirven para analizar como ha ido el apilado, aplica STF sobre ellas y si ves que en alguna de esas imagenes aparece demasiada información es que el rechazo es excesivo y aparte de los pixels calientes se está llevando señal por delante, si son muy negros puede que no esté limpiando lo suficiente.
Entiendo que estás usando el script BathPreprocessing... en ese caso para ajustar el rechazo deberás variar el valor de "Pixel Rejection> Sigma low / Sigma High": En el script, teniendo seleccionada la pestaña de LIGHTS, en el centro-abajo, el recuadro "Imagen Integration", pulsa "Integration parameters" y ahí lo tienes

Si la imagen final ocupa demasiado por integrar esas otras dos, una vez que des con los valores correctos de rechazo puedes desmarcar la opción "Generate rejection maps" para que no las incluya

Jasuni, el proceso "STF" solo es un estirado virtual: Te muestra la imagen estirada, pero no se le aplica. Debes estirarla recortando el histograma.
Si quieres aplicar el STF al histograma debes tener abiertos ambos procesos, aplicas el STF a la imagen (arrastras el triángulo azul de la esquina inferior izquierda de la ventana STF sobre la imagen), luego arrastras el mismo triángulo azul del STF a la ventana del histograma, justo en la barra gris de abajo (entre el círculo y el cuadrado, si lo intentas en otro sitio saldrá un aspa y no te dejará).
Eso hará que se copien los valores del STF en el histograma; por último solo tienes que aplicar ese histograma sobre la imagen, arrastrando el triángulo azul del histograma sobre ella.
Saludos