Hay una cosa que no entiendo Akeru, sobre el cable que te has hecho: ¿Es el que va del PC al mando?
Un cable como el que comenté hace poco aquí:
Hacerse uno mismo un EQDIR en 5 minutos por 20€ , sirve para conectar directamente el PC a la montura. Ignoro si el cable que va al mando sigue el mismo esquema, pero al ser cables alimentados a distintos voltajes por si acaso y en todo caso me informaría bien primero.
En la configuración de EQMOD debes cambiar el ST-4 por pulse guiding:

En la imagen, en el desplegable del centro a la derecha.
Así en el control principal verás que cambia una de los recuadros, el de "AutoGuider Port (ST4) Guide Rate" donde puedes elegir la velocidad del guiado en RA y DEC (x0,25 - x0,50 - x0,75 - x1), por otro recuadro con unos controles más precisos llamado "ASCOM PulseGuide Settings".
También en el programa de guiado que utilices deberás indicar si el guiado es por ASCOM o montura, o lo haces por ST4.