Buenos días.
Si estás en la fase de captura de imágenes. Por defecto NINA no tiene configurada la opción "debayer image" por lo que tendrás que activarla en el menú referido a los settings de la imagen -página 71 del manual de NINA-:
https://nighttime-imaging.eu/docs/master/site/pdf/Manual.pdfCuando se activa la imagen obtenida en la pantalla general de NINA la imagen tiene tres opciones: sin estirar, estirado en blanco y negro o estirado debayerizado.
Si estás en la fase de apilado con WBPP tienes que seleccionar la opción CFA para que el script reconozca las imágenes a color:

Un saludo.