Hola Tach
Yo llevo años tirando con 2 equipos a la vez, a veces al mismo objeto, y otras veces a objetos distintos.
Incluso he procesado el mismo objeto con mis dos equipos y otro de un amigo a 600 km. de distancia, 3 tubos y 3 cámaras diferentes .
El tema que comentas es mas sencillo de lo que parece y no tiene demasiada complicación.
Solamente tienes que apilar por separado las tomas de cada tubo y después alinear los masters poniendo uno de ellos como referencia, generalmente el de menor campo para que sea lo mas coincidente posible, yo utilizo Pixinsight y se hace con el proceso staralightment.
Obtienes imagenes alineadas que coinciden perfectamente, recortas los bordes para quitar los artefactos si aparecen y listo, ya puedes combinar, mezclar, sumar, crear paletas.... lo que quieras.
Si tienes varios filtros, de banda estrecha por ejemplo y RGB, lo mismo, alineas todos y luego haces la composición que quieras.
Te dejo unos ejemplos:
SH2-308 Nebulosa del delfín, 3 cámaras, 3 tubos, , 4 masters de 4 filtros. 60h 45 min.

NGC2359 casco de thor, 3 tubos. 2 cámaras, 5 masters de 5 filtros. 11h 5 min.

Y si te atreves con algo mas complicado:
NGC2237 nebulosa roseta mosaico 6 teselas (RGB) con el 127 y 4 teselas (SHO) con el 105, 2 cámaras, 4 filtros, 18 masters con los que lidiar. 73h 20min.

No es complicado, bueno, el mosaico un poco más pero con un poco de orden a la hora de manejar los masters es relativamente sencillo.
Ánimo y a por ello.
Si necesitas ayuda adicional aquí estamos.
Un saludo.